Assignment: Phylogenetic tree

Assignment 2
Who are the ancestors of the dinosaurs?

DNA was extracted from 80-million-year-old bone fragments found in strata of the Upper Cretaceous Blackhawk Formation in the roof of an underground coal mine in eastern Utah.
The authors conclude that the DNA sequence,

cccttctattattcattctcattctattcgttattcttgtactccacacatccaaacaac aaagcataatattccacccattgagtccattcctatcctgattcttagtccccgaacctt
ttacactcacatg

appears to be from a dinosaur that lived 80 million years ago.

Show us step by step of how to do phylogenetic analysis with cytochrome b sequences. Use these following species
o Human
o Dog
o Rabbit
o rhinoceros
o dugong
o mouse
o whale
o bovine
o sicklebill
o chicken
o magpie
o frog

Step 1
1.เชื่อม Internet ไปยังเว็บไซต์ NCBI:http:www.ncbi.nlm.nih.gov โดยเลือกสิ่งที่ต้องการค้นหา คือ nucleotide และใส่ keyword ลงไป

การค้นหาและการเลือก sequences

1.ใส่คำค้นชื่อสิ่งที่ต้องการหาเป็นภาษาลาตินและ sequences ที่ใช้จะเลือกใช้ แต่ Ref. sequ. ที่เป็น complete genome จาก mitochondrion เช่นเราต้องการค้นหา sequence ของ Human จะได้ว่า Human --> “Homo sapiens AND cytochrome b AND reference sequence”

2.สำหรับสิ่งมีชีวิตที่ไม่สามารถหา mitochondrion complete genome โดยเฉพาะ cytochrome b ก็จะเลือกใช้ข้อมูลที่สมบรูณ์ที่สุด โดยตัดคำว่า reference sequence ออกจากการหา

Keyword
•Human : Homo sapiens NC_001807
•Dog: Canis lupus familiaris NC_002008
•Rabbit : Bunolagus monticularis AY292718
Pentalagus furnessi AY292720
Oryctolagus cuniculus NC_001913
•Rhinoceros :Rhinoceros unicornis NC_001779
•Dugong : Dugong dugon NC_003314
•Mouse :Mus musculus NC_005089
•Bovine :Bubalus bubalis NC_006295
Bos indicus NC_005971
•Frog : Polypedates megacephalus NC_006408
Rana nigromaculata NC_002805
•Chicken: Gallus gallus NC_001323
•Whale : Eschrichtius robustus NC_005270
•Sicklebill :Epimachus albertisi U15205
•Magpie :Cyanopica cyanus pallescens AY701179

2. Search NCBI for cytochrome b nucleotide sequence of 12 different species

3. Click เลือกที่ Display > GenBank----> Text แล้ว copy เก็บไว้ในโปรแกรม Notepad

4. Click เลือกที่Display > FASTA format เพื่อให้ NCBI รายงานผลในรูป FASTA format แล้ว copy เก็บเอาในโปรแกรม Notepad เพื่อนำไปทำการจัดเรียงดับเบส

Step 2

การติดตั้งโปรแกรม BioEdit
1. เชื่อม Internet ไปยังเว็บไซต์ http://www.google.com/ 2. ดาวน์โหลดโปรแกรมโดยการเลือกคลิกที่หัวข้อ BioEdit.zip (Full install)

3. โปรแกรมจะถูกติดตั้งอยู่ใน drive C ซึ่งสามารถเรียกใช้งานโดยผ่านทาง
คำสั่ง Start ----> program ---> BioEdit --> BioEdit

Step 3

การใช้งานของโปรแกรม BioEdit

1. Manual alignment of sequences จะแสดงหน้าต่างการทำงานพื้นฐาน ดังรูป

2. เลือกคลิกที่ File ---> New Alignment ---> Import

3. เปิด FASTA file ที่เก็บอยู่ในโปรแกรม Notepad

3.1 เมื่อเข้า Import --------> sequence alingment file

-Dinosour - Mouse
-Dog - Dugong
-Rabit 1 - Frog 1
-Rabit 2 - Frog 2
-Rabit 3 - Chicken
-Magpie - Gray whale
-Sicklebil - Bovine 1
-Rhinoceres - Bovine 2
-Human
3.2 จะได้ sequence ดังภาพที่แสดง

4.จากนั้นให้เลือกไปที่คำสั่งในเมนู Accessory Application--> ClustalW Multiple alignment ---> Run ClustalW