Haploview

Find out

1. How many haplotype blocks in this region of Chromosome X?
2. Could you find out the tagging SNP in each haplotype block?

I. เปิดโปรแกรม Haploview 4.0 ซึ่งสามารถ download โปรแกรมดังกล่าวได้จาก http://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/download.php โดยโปรแกรมดังกล่าวต้องการโปรแกรม java ในการทำงานควบคู่ไปด้วย

1. ขั้นตอนการติดตั้งโปรแกรม JAVA




Instructions for Downloading Java on Windows - Internet Explorer

• You might need to click the yellow warning bar at the top of the browser window show the installation.

• Click Install to start the installation proces

If you do not get the window asking you whether you want to install the software, please see the help page or the Manual Download page.

The installation process starts. The installer presents an option to view the License Agreement. After reading the agreement, click the Accept button to accept its terms and to continue with the installation.

If you selected the Advanced Options Panel, the installer displays a Custom Setup screen that allows you to choose program features to set up. We recommend that you keep the default settings, unless you are an advanced user who wants more precise control over the components that will be installed. After ensuring that the desired program features are selected, click the Next button to continue with the installation

• Once the installation is successfully completed, you will see the Verify Installation page where you can verify your Java version installation
  
  2 แสดงการ Download Haploview 4.0 จาก http://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/download.php

II. เตรียมข้อมูลที่จะใช้ในการลง Data ของ Hapmap format

• Copy Data มาเปิดใน Microsoft Word

• Save Data แบบ Plain text
  
  
  
  III . เมื่อเปิดโปรแกรม Haploview จะพบหน้าต่าง Welcome to HaploView
  
• แสดงหน้าต่างเมื่อเข้าสู่โปรแกรม Haploview ดังภาพ

• ที่หน้าต่าง Welcome to HaploView เลือกที่คำสั่ง HapMap Download

ตั้งค่า Release เป็น 21
เลือก Chromosome ที่ต้องการศึกษา ซึ่งในที่นี้คือ Chromosome X
เลือกกลุ่มประชากรที่ต้องการศึกษา ซึ่งในที่นี้เลือก CHB+JPT จากนั้นกดเลือก ok เพื่อเริ่มต้นการทำงาน

• เลือก HapMap Format เพื่อ download File แล้วคลิก OK

• Change HW p-value cut off to 0.05 แล้วคลิกที่ Rescore Markers

• หลังจากที่โปรแกรมทำงานจะปรากฏหน้าต่าง Check Markers ดังภาพ

• จากนั้นเลือกที่หน้าต่าง Haplotypes ซึ่งจะแสดงผลลัพธ์ดังภาพ
  
  


• แสดงหน้าต่างผลลัพทธ์ในหน้า LD Plot

How many haplotype blocks in this region of Chromosome X?ภายหลังจากได้ผลลัพธ์ในหน้าต่าง Haplotypes เปิดหน้าต่างผลลัพธ์ของ LD Plot




•สรุปว่ามี 3 haplotype blocks คือ
- Block 1 ตำแหน่งที่ 8, 9
- Block 2 ตำแหน่งที่ 13, 14, 15, 16, 17
- Block 3 ตำแหน่งที่ 24, 25, 26, 27, 28, 29


IV. Could you find out the tagging SNP in each haplotype block?

ภายหลังจากได้ผลลัพธ์ในหน้าต่าง Haplotypes เพื่อแสดง tagging SNP ในแต่ละ haplotype block เลือกคำสั่ง Display กดเลือก Show tags in blocks จะปรากฏดังภาพ

แสดงหน้าต่าง Haplotype block ที่แสดง tagging SNP

•สรุปว่ามี tagging SNP คือ
Block 1 มี tagging SNP ที่ตำแหน่ง 8,9
Block 2 มี tagging SNP ที่ตำแหน่ง 13,15
Block 3 มี tagging SNP ที่ตำแหน่ง 24,27